Інститут аграрної економіки заснований у 1956 році в м. Києві як науковий центр з розробки економічних основ формування і здійснення аграрної політики в Україні, актуальних проблем теорії і практики розвитку агропромислового комплексу, організації впровадження у виробництво досягнень економічної науки, здійснення координації досліджень та підготовки наукових кадрів. Указом Президента України від 12 січня 2004 року № 48 Інституту надано статус національного наукового центру – Національний науковий центр «Інститут аграрної економіки».

Основні напрями наукової діяльності Інституту:

- теорія і методологія розвитку сільських територій, управління і соціально-економічні проблеми села;

- наукові основи організації сільськогосподарського виробництва та земельних відносин;

- методологічні основи удосконалення механізмів ціноутворення, функціонування ринку і розвитку наукових інновацій;

- методологічні засади ефективної системи управління фінансами, інвестиціями та обліку в АПК.

В Інституті відбулося становлення вчених економістів-аграрників України:

академіки Академії наук СРСР та НАН України:

І.І. Лукінов, академік Академії наук СРСР (1984), академік ВАСГНІЛ (1973), РАСГН (1992), РАН (1992), АН УРСР (1976), УААН (1991);  О.М. Онищенко, академік НАН України (1990)

члени-кореспонденти ВАСГНІЛ:

І.Н. Романенко (1956), В.В. Юрчишин (1975), О.О. Сторожук (1983)

академіки Національної академії аграрних наук України:

П.І. Гайдуцький (1995), М.Я. Дем’яненко (1999), М.Ф. Кропивко (2007), Ю.О. Лупенко (2007), М.Й. Малік (2007), В.Я. Месель-Веселяк (1999), П.Т. Саблук (1993), О.М. Шпичак (1999), В.В. Юрчишин (1990)

члени-кореспонденти Національної академії аграрних наук України:

В.Я. Амбросов (1993), І.Г. Кириленко (2002), Г.М. Підлісецький (1995), В.П. Рябоконь (2002)

члени Академії економічних наук України:

академіки: В.І. Бойко, О.В. Крисальний, М.Й. Малік, В.Я. Месель-Веселяк, П.Т. Саблук

заслужені діячі науки і техніки України:

О.А. Бугуцький, В.І. Власов, П.І. Гайдуцький, М.Я. Дем’яненко, П.К. Канінський, В.І. Котелянець, О.В. Крисальний, Ю.О. Лупенко, М.Й. Малік, В.Я. Месель-Веселяк, М.І. Нижній, Г.М. Підлісецький, В.П. Рябоконь, П.Т. Саблук, М.М. Федоров, О.М. Шпичак, В.В. Юрчишин

заслужені економісти України:

В.І. Бойко, М.К. Гащенко, В.І. Жмінько, М.Ю. Коденська, Д.В. Полозенко, В.Ю. Протасов, В.М. Скупий, В.Л. Товстопят, А.А. Фесина, К.І. Якуба, Т.В. Ярославська

заслужені працівники сільського господарства України:

Ю.Я. Лузан, Л.М. Маланчук

В Інституті функціонує 2 спеціалізовані вчені ради по захисту докторських і кандидатських дисертацій.

За 1966-2010 роки у спеціалізованих вчених радах захищено дисертацій:

докторських – понад 100

кандидатських – понад  900.

Співробітники Інституту відзначені урядовими нагородами, в тому числі:

Орден «Золота Зірка» Героя України (Саблук П.Т.),

ордени – 25,

медалі – 118,

почесні грамоти та інші відзнаки Уряду, міністерств і відомств – 30.